日军将砍下的中国人的头颅拿在手里留影。照片系从被俘日军身上缴获
在南京大屠杀中，日本军人竟公然屠杀三十万平民，其行径令人发指。从历史证据来看，日军的这一行为并没有得到军部的允许，但是，由于军纪败坏，三十万中国人成了日军的刀下冤魂。
日本长官：像动物一样对待中国人
在记录片《南京》中，有一段日本士兵与长官的对话，从这段对话可以看出日军当时的“屠杀政策”：
士兵：如何处置那些中国人？
长官：全部杀掉，像动物一样对待。
士兵：儿童呢？
长官：儿童也是动物。
日本军部是否发出过关于全部杀光的命令
那么，日本军部有没有下达过杀光中国人的命令呢？
攻占南京的日军第6师团司令部曾接到命令：“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀，房屋全部放火焚烧。”
日军第16师团长中岛今朝吾的日记中也记道：“大体上不保留俘虏，全部处理之。”
早稻田大学教授洞富雄1982年12月出版的《南京大屠杀》记载：
第十军所属第六师团的随军摄影记者河野公辉说，他应太平洋战争研究会的要求进行采访，看到在该师团的司令部里有一份传达命令的文件， 内容是：“不容许共产主义的暴虐，为粉碎共匪的猖獗活动，农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。”
这一命令事实上也许出自平松鹰史所著《乡土部队奋斗史》一书。根据该书记述，在向昆山进军中的第六师团的司令部接到命令说：“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀。房屋全部放火焚烧。”当时，该师团的高级副官平冈力中佐说了一句：“会有这种愚蠢的命令？”他跳了起来，因而这一命令就“不了了之”。
这一命令是从什么地方下达的呢？据平冈中佐说：“柳川兵团自然不会发出如此愚蠢的命令。虽然未能确认命令来自何方，但恐怕是军司令部在上海苦战期间所发出的发疯的命令”。如平冈中佐所说的那样，第六师团司令部所接到的关于一概都杀的命令，也许是上海派遣军司令部发出的。
上海派遣军或第十军，或双方都发出了如此残酷的命令，那是千真万确的。但下达命令，是否取得军司令官的同意，这一点似乎还是个问题。进攻南京的军队，其指挥系统混乱，岂止松井总司令官发出的要下级严格执行的命令得不到贯彻，据说在他指挥下的两军团的司令官对其幕僚和所属师团长发出的关于严格执行的命令也是不起作用的。
屠杀俘虏也好，处决散兵也好，那可能主要是师团长及其部下联队长，在异乎寻常的气氛中失去正常判断能力的情况下，独断专行地进行的。但后来得到了军司令部的默认，继续逮捕散兵。第十六师团长中岛中将的部下助川联队长曾同铃木明谈起：“师团长说不要有俘虏。”（《“南京大屠杀”之无稽之谈》，第249页）凡此种种，可能是师团长之独断专行的结果。
松井警告被当作耳边风
松井在南京事件中被追究责任，当他接到关于死刑的判决后不久，巢鸭拘留所的教诲师、东京大学教授花山信胜曾见过松井一面，听他这样说：
南京事件，可耻之极。在南京入城后，举行慰灵祭时，我提出也要一起祭祀死去的中国人，可是参谋长以下部属怎么也不理解，说是会影响日本军的士气。以师团长为首都是那么认为的。在日俄战争期间，我以大尉身份参战，那时的师团长无疑要比现在的师团长好多了。在日俄战争期间，别说对中国人，就是对俄国人，日军在俘虏处置问题以及其他方面都处理得很好，而这次却做不到这一点。自然，那可能是因为政府当局没有这样考虑，在武士道或人道这些方面，今日与当时全然不同了。
在举行慰灵祭后不久，我把大家召集拢来，以军司令官的身份板着脸发起火来。当时朝香宫也在场，柳川中将也是个方面军司令官，我说，好不容易树立起来的皇威，一下子由于那些士兵的暴行失去了光彩。可是，此后大家却都笑了起来。尤为甚者，某师团长甚至说“那是理所当然的！”所以，仅我个人落到这样的结局，虽一个人，但能给当时军人们以更多、更深刻的反省，就此意义而言，我感到非常高兴。我想，好歹已是这样了，就让我这样死去吧！（《和平的发现》，第226页。）
依松井所言，之所以会有南京大屠杀，是因为日本军纪败坏。就因为这四个字，三十万中国平民成了冤魂，谁该来为他们负责任？